Em 2013, a Universidade Estadual Paulista/ Unesp, Campus Rio Claro, com a chancela do então Ministério do Esporte, apresentou à CAPES a proposta do Mestrado Profissional em Educação Física Escolar e Esporte Educacional, contando com a participação de 32 Instituições de Ensino Superior, mas a proposta foi reprovada.

Em 2014, nova proposta foi apresentada, mas com o nome de Mestrado Profissional em Educação Física, contando com 19 Instituições de Ensino Superior, ainda sob a coordenação da UNESP, Campus Rio Claro.

Após, diligência da CAPES, em 2015, a proposta foi aprovada, com 14 Instituições de Ensino Superior.

O primeiro processo seletivo ocorreu em 2016, agora sob a coordenação da Unesp, Campus Presidente Prudente, com o início das aulas da primeira turma em abril de 2018.