Localizado na Unidade 1, em Pontal do Araguaia, o Laboratório de Microscopia é utilizado por diversas disciplinas, de diversos cursos, para aulas práticas e atividades relacionadas com a utilização de técnicas de microscopia de luz.

O Laboratório conta com cerca de 25 microscópios ópticos, inclusive com um deles conectado há uma câmera que filma e projeta em tempo real as imagens visualizadas pelo usuário, auxiliando durante as aulas práticas, por exemplo.

Atualmente o Laboratório está sob coordenação do Prof. Dr. Sérgio Marcelino de Oliveira, docente do Curso de Licenciatura em Ciências Biológicas.