A criação do Programa de Pós-Graduação em Recursos Hídricos da Universidade Federal de Mato Grosso foi aprovada pela Resolução nº. 38, do Conselho de Ensino, Pesquisa e Extensão, em 07 de abril de 2006. Submetida à CAPES, a proposta recebeu recomendação em 07 de março de 2007 e o ingresso da primeira turma foi em junho de 2007.

O Programa de Pós Graduação em Recursos Hídricos (PPGRH) surgiu a partir de esforço coletivo de docentes do Instituto de Ciências Exatas e da Terra, Instituto de Biociências, Faculdade de Arquitetura, Engenharia e Tecnologia e Faculdade de Agronomia e Medicina Veterinária, que identificaram a necessidade da formação de profissionais qualificados para atuar nos múltiplos aspectos sobre os usos da água. Foram criadas duas linhas de pesquisa: Planejamento e Gestão de Recursos Hídricos e Dinâmica Superficial e Subterrânea. Assim, desde a sua concepção, o PPGRH adota uma abordagem multidisciplinar, gerando e abordando de maneira integrada pesquisas científicas que conduzem às práticas de sustentabilidade e racionalidade no uso da água e abre caminhos para novos conhecimentos e tecnologias, através de profissionais capacitados para esta complexidade e seus desafios.

Desde a sua criação, o PPGRH vem passando por adequações com o intuído de atender demandas do Estado. Entre 2007 a 2012, o Programa fez parte da área Interdisciplinar da CAPES e passou por dois processos de avaliação (triênios 2007-2009 e 2010-2012), obtendo o conceito 3 em ambos. A partir de 2013 o Programa passou a fazer parte da área de Ciências Ambientais, sendo avaliado com conceito 3 no quadriênio 2013-2017.

Em 2014 houve a realocação do PPGRH do Instituto de Ciências Exatas e da Terra para a Faculdade de Arquitetura, Engenharia e Tecnologia, que permitiu uma aproximação com os cursos de graduação e melhorias na infraestrutura do Programa. Esta realocação, culminou na aprovação em 2019 de uma nova linha de pesquisa Hidráulica e Saneamento.

Em 2024, houve mudança de área de avaliação do PPGRH, passando para Engenharias I, conforme Portaria CAPES nº 253, de 15 de agosto de 2024.

Até o ano de 2023, o PPGRH formou 165 mestres, que têm atuado como professores em instituições de ensino superior públicas e privadas, como professores do ensino médio e fundamental, tanto público quanto privado, nos órgãos ambientais federal, estaduais e municipais, na iniciativa privada (principalmente na área de consultoria e assessoria), empresas de saneamento e outros têm seguido na carreira acadêmica por meio do curso de Doutorado.