La creación del Programa de Posgrado en Recursos Hídricos (PPGRH) de la Universidad Federal de Mato Grosso fue aprobada en la resolución Nº. 38, del consejo de enseñanza, investigación y Extensión, el 07 de abril del 2006. Sometida a la CAPES, la propuesta recibió recomendación el 07 de marzo del 2007. El ingreso del primer grupo de alumnos fue en junio del 2007.

El programa surgió a partir del esfuerzo colectivo de docentes del Instituto de Ciencias Exactas y de la Tierra, Instituto de Biociencias, Facultad de Arquitectura, Ingeniería y Tecnología, y la Facultad de Agronomía y Medicina Veterinaria, que identificaron la necesidad de la formación de profesionales calificados para actuar en los múltiples aspectos sobre los usos del agua. Fueron creadas dos líneas de investigación: Planeamiento y Gestión de Recursos Hídricos, y Dinámica Superficial y Subterránea. Así, desde su concepción, el PPGRH adopta un abordaje multidisciplinar, generando y abordando de manera integrada investigaciones científicas que conducen a las prácticas de sustentabilidad y racionalidad en el uso del agua, y abre caminos para nuevos conocimientos y tecnologías, a través de profesionales capacitados para esta complejidad y sus desafíos.

Desde su creación el PPGRH ha sido adecuado para atender las necesidades de la demanda profesional del Estado. Entre 2007 a 2012, el Programa fue parte del área Interdisciplinar de la CAPES y paso por dos procesos de evaluación (capacitaciones en 2007-2009 y 2010-2012), obteniendo el concepto 3 en ambos. A partir del 2013 el programa paso a ser parte del área de Ciencias Ambientales, siendo evaluado con concepto 3 en el cuadrienio 2013-2017.

En 2014 se dio la reubicación del PPGRH del Instituto de Ciencias Exactas y de la Tierra para la Facultad de Arquitectura, Ingeniería y Tecnología, que permitió una aproximación con los cursos de pregrado y mejoras en la infraestructura del programa. Esta reubicación, culmino la aprobación en el 2019 de una nueva línea de investigación en Hidráulica y Saneamiento que fue creada para atender las demandas de las alcaldías por profesionales capacitados para la ejecución de los Planos Municipales de Saneamiento Básico (PMSB), recién presentados para 104 municipios del estado y desarrollados con la participación de los docentes del PPGRH.

Hasta el 2020 el PPGRH ha formado 171 masters, quienes han actuado como profesores en instituciones de educación básica, media y superior, tanto instituciones públicas y privadas, en los órganos ambientales federales, estatales y municipales, en la iniciativa privada (principalmente en el área de consultoría y asesoría), empresas de saneamiento y otros han continuado la carrera académica por medio de cursos de Doctorado.