Neste trabalho, foi avaliada a aplicação do modelo SWAT na Bacia Hidrográfica do Rio Cuiabá, com área de 29.000 km², localizada no estado de Mato Grosso, Brasil, parte integrante da bacia do Paraguai, sendo uma das principais bacias de contribuição do Pantanal. A avaliação foi feita através da calibração e validação entre dados medidos e simulados de vazão em passo de tempo mensal no canal, com o intuito de comparar cenários com e sem a influência da UHE Manso sobre a variação das vazões. O modelo SWAT não-calibrado mostrou-se já eficiente na simulação inicial com coeficientes de eficiência de Nash entre 0.57 a 0.98 para os seis pontos de monitoramento, porém ocorreu sistematicamente superestimação das máximas e subestimação das mínimas. A calibração do modelo com escolha dos parâmetros e definição dos intervalos dentro de limites para a análise de sensibilidade foi realizada por meio do programa SWAT-CUP. O período de calibração compreendeu os anos de 2005 a 2009 e resultou numa melhora do coeficiente de Nash, que oscilou entre 0.68 e 0.99. A validação dos dados para o período de 2010 a 2013 resultou em coeficientes de Nash entre 0,67 e 0,99. Para analisar a influência da hidrelétrica de Manso sobre a vazão do Rio Cuiabá foi simulado um cenário com exclusão da UHE no período de 2005 a 2013. A regularização proporcionou eventos de máxima e mínima menos pronunciados, as vazões médias diminuíram na faixa entre 3,15 a 13,95%, as mínimas aumentaram de 55 a 288% e as máximas diminuíram de 16 a 41% nos pontos de monitoramento analisados.
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