A utilização de poços rasos como fonte de abastecimento de água é uma prática comum em todo o mundo devido à qualidade dos aquíferos serem adequadas para diversos usos, principalmente ao consumo humano. Todavia, a poluição desse recurso pode ocorrer por diversas formas, como a contaminação bacteriológica, mais especificamente por Ferrobactérias. Assim sendo, este estudo tem como objetivo analisar o perfil genotípico de Ferrobactérias isoladas da água de poços rasos no Bairro Pedra Noventa, Cuiabá-MT. As coletas de água nos pontos amostrais foram realizadas em novembro de 2013 (início do período chuvoso) e janeiro de 2014 (chuvas regulares), no Bairro Pedra Noventa, em Cuiabá, utilizando como amostrador o manual tipo bailer. Após a quantificação das Ferrobactérias, via meio seletivo, foram isoladas para extração de DNA e caracterização genotípica utilizando o iniciador BOX-PCR. A partir do produto da eletroforese do BOX-PCR, foram gerados dezesseis géis que contabilizam dezessete pontos para cada período amostral. A similaridade das amostras foi determinada por matrizes binárias de presença e ausência para cada um dos pontos de análise, em função da posição que as bandas ocupavam no gel. A partir da matriz de dissimilaridade foram agrupados em dendrogramas UPGMA e análise de similaridade de Jaccard (2%) para o percentual de similaridade entre os isolados de cada ponto. Para análises do metal ferro foram realizadas duas coletas em dois períodos distintos os pontos P2, P7, P10 e P16, apresentaram concentrações acima aos Valores Máximos Permissíveis para consumo humano. Para análises microbiológicas todas as amostras analisadas apresentaram contaminação por Ferrobactérias. Através dos dendrogramas de dissimilaridade, notou-se que 10,9% dos isolados obtiveram uma similaridade acima de 70%, o que leva a inferir que 89,1% dos isolados apresentaram diversidade gênica.
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