Os sedimentos têm grande importância em um ambiente aquático pela sua capacidade de retenção de compostos, permitindo por meio de análises específicas a compreensão dos fatores ocorridos em uma Bacia Hidrográfica. Diversos grupos bacterianos, dentre eles os Actinomicetos são responsáveis pela ciclagem dos nutrientes e pelas transformações bioquímicas ocorridas no sistema sedimentar. Os Actinomicetos constituem tema de interesse de diversas áreas do conhecimento, devido à eficiência metabólica tanto nos processos ecológicos, quanto industrial e comercial. Por isso, o objetivo deste estudo é analisar a densidade e a diversidade gênica de Actinomicetos presentes no sedimento de fundo do Rio Cuiabá, MT. O estudo foi desenvolvido no Rio Cuiabá em quatro pontos amostrais (Rosário Oeste, Passagem da Conceição, Santo Antônio de Leverger e Porto Cercado). As coletas foram feitas em perfil transversal do rio, ou seja, na margem esquerda, no meio e na margem direita nos períodos de estiagem e chuvoso. Foram efetivadas análises físicas, químicas e microbiológicas por meio de técnicas convencionais e de biologia molecular, tais como PCR e sequenciamento. O teste estatístico de Scott-Knott foi aplicado para comparação das médias entre os pontos amostrais e pontos de coleta no que se refere a densidade dos Actinomicetos. Para a análise estatística do perfil das comunidades bacterianas e da diversidade gênica foi utilizado o aplicativo Bionumerics 7.0. Em todos os pontos amostrais estudados, os resultados obtidos nas análises físicas mostraram que o sedimento, na sua maioria, é composto por frações de areia. Quanto aos resultados das análises químicas, o pH foi ácido com variações mínimas entre os pontos amostrais em todos os períodos de coletas. Os resultados obtidos para as variáveis Fósforo, Potássio e Matéria Orgânica foram mais representativos no período chuvoso. Para as análises microbiológicas, o resultado da densidade dos Actinomicetos foi maior para o período chuvoso. A diversidade e a caracterização gênica bacteriana feita por BOX-PCR e percentual de similaridade, evidenciaram estirpes 100% similares. Na análise de similaridade entre os pontos amostrais, Porto Cercado apresentou maior agrupamento com estirpes semelhantes. Houve estirpes que foram semelhantes entre si, porém de pontos amostrais e períodos de coleta distintos. A diversidade foi maior no período chuvoso, pois no período de estiagem houve 03 agrupamentos 100% similares. Quanto às 50 cepas dissimilares (<70%), constatou-se que 33 destas são do período chuvoso e desse montante 14 estirpes correspondem ao ponto amostral de Porto Cercado. O método estatístico permitiu concluir que houve efeito significativo para a interação entre os fatores: pontos amostrais, pontos de coleta e sazonalidade (p<0,05). Avaliando separadamente por pontos amostrais e período, a estatística confirma o resultado da contagem bacteriana, sendo o período chuvoso mais representativo em relação às médias da densidade bacteriana. O sequenciamento genético mostrou que as 06 estirpes apresentaram similaridade com o gênero Baccillus e para o conhecimento real da diversidade bacteriana do grupo estudado no sedimento de fundo do Rio Cuiabá, MT, recomenda-se o sequenciamento das demais estirpes.
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